Theo văn bản gửi tới VnExpress.net, ông Phan Mạnh Hiệp – Tổng giám đốc Công ty Cổ phần Sông Đà 909 (Mã CK: S99) phản ánh đơn vị này đứng trước nguy cơ phá sản nếu bị truy thu hàng tỷ đồng tiền thuế thu nhập doanh nghiệp.

Cụ thể, công ty có dự án đầu tư khai thác mỏ đá Bản Pênh tại xã Ích Ong, huyện Mường La, tỉnh Sơn La thuộc địa bàn đặc biệt khó khăn. Theo Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp, dự án được miễn thuế trong 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 8 năm và S99 đã kê khai miễn thuế năm 2004-2005, giảm 50% số thuế phải nộp trong 2006-2013.

 Tháng 12/2006, S99 niêm yết cổ phiếu tại Sở Giao dịch chứng khoán Hà Nội (HNX) và đáng lẽ theo các Công văn 11924 ngày 20/10/2004, 5248 ngày 29/4/2005 và 10997 ngày 8/9/2006 của Bộ Tài chính, công ty này tiếp tục được giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp trong 2 năm từ khi kết thúc thời gian được hưởng ưu đãi cũ theo Luật thuế thu nhập doanh nghiệp. Khi đó, S99 đã đăng ký thời gian giảm thuế vào giai đoạn 2009-2010 và chính Cục Thuế Hà Nội ngày 26/1/2011 cũng có văn bản xác định công ty được giảm 50% tiền thuế phải nộp năm 2009.

Tuy nhiên, đến ngày 19/8/2011, Tổng cục Thuế lại ban hành Công văn 2924, trong đó quy định các doanh nghiệp niêm yết chứng khoán lần đầu giai đoạn 2004-2006 mà đến năm 2008 vẫn chưa kê khai hưởng ưu đãi giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp thì từ năm 2009 không được hưởng ưu đãi này nữa. Do S99 đăng ký hưởng ưu đãi sau năm 2008 nên cơ quan Thuế quyết định truy thu 831 triệu đồng tiền thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2009 của công ty này.

Trước tình hình trên, S99 có văn bản khiếu nại vì cho rằng Công văn 2924 của Tổng cục Thuế mâu thuẫn các văn bản trước đó của Bộ Tài chính. Các công văn 11924, 5248 và 10997 đều cho phép các doanh nghiệp có chứng khoán niêm yết lần đầu giai đoạn 2004-2006 được hưởng ưu đãi giảm 50% thuế sau khi hưởng hết các ưu đãi khác theo luật thuế thu nhập doanh nghiệp, nhưng công văn 2924 lại không cho hưởng ưu đãi kể từ năm 2009.

Bên cạnh đó, công ty cũng cho hay có sự "bất hợp lý" khi cùng một chính sách của Chính phủ mà những đơn vị kê khai ưu đãi vào năm 2007-2008 lại được hưởng ưu đãi còn đơn vị đến hết năm 2008 chưa kê khai ưu đãi lại không được hưởng. "Công ty chưa kê khai là do nghĩ rằng chính sách thuế lúc đó cho phép kê khai vào năm tài chính đã hưỏng hết các ưu đãi khác theo luật thuế thu nhập doanh nghiệp", ông Nguyễn Quốc Chưởng - Phó phòng Kế toán công ty S99 nói.

"S99 có thể bị phá sản do không có nguồn để nộp thuế thu nhập bị truy thu của năm 2009-2010 do đơn vị đã chia cổ tức của năm 2009-2010 (bao gồm cả số thuế được miễn giảm) trước ngày công văn 2924 có hiệu lực", đơn vị này cho biết. Theo tính toán của công ty, số thuế có thể bị truy thu tiếp của năm 2010 là khoảng 4 tỷ đồng.

Ông Chưởng cũng thông tin thêm, S99 đã gửi đơn kiện Tổng cục Thuế lên Tòa án Nhân dân Hà Nội, đề nghị cơ quan này bãi bỏ các văn bản truy thu thuế với công ty nhưng đến nay chưa nhận được hồi âm.

Trao đổi về vụ việc này, một lãnh đạo của Tổng cục Thuế cho biết chưa nhận được thông báo nào từ Tòa án về việc đã thụ lý đơn kiện của Công ty Sông Đà 909. Hiện Tổng Cục Thuế mới chỉ biết thông tin qua công văn khiếu nại công ty này gửi đến.
 
Lãnh đạo này cũng khẳng định với trường hợp của Công ty Sông Đà 909, cơ quan Thuế đã xử lý theo kết luận của Thanh tra Chính phủ và có sự chỉ đạo của Thủ tướng. "Vấn đề này Bộ Tài chính đã có văn bản hướng dẫn và quan điểm của Bộ là không phạt doanh nghiệp về việc chậm nộp thuế mà chỉ yêu cầu truy thu. Không riêng gì Sông Đà 909, còn có vài chục công ty khác cũng gặp trường hợp tương tự", ông cho hay.
 
Không bình luận bên nào đúng hay sai trong cuộc tranh cãi này nhưng Luật sư Nguyễn Sỹ Cương - Phó giám đốc Công ty tư vấn thuế C&A - cho rằng việc doanh nghiệp có những thắc mắc khi thấy thiệt thòi vì không được hưởng ưu đãi cũng có lý của họ. Tuy nhiên, theo ông, điểm khó khăn cho họ là việc ưu đãi miễn 50% thuế thu nhập doanh nghiệp cho những đơn vị này lại không được quy định trong một văn bản Luật nào cụ thể.

"Đó là Nghị quyết của Chính phủ, được đưa ra nhằm giải quyết tình thế những khó khăn của một số doanh nghiệp. Chính vì vậy khi có Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (hiệu lực từ 1/1/2009) và không có nội dung này nên họ phải rút lại ưu đãi", luật sư Cương cho biết. Bản thân Bộ Tài chính sau đó cũng đã cho biết những doanh nghiệp trước đây đã kê khai hưởng ưu đãi thì vẫn được chấp nhận.

Một luật sư có kinh nghiệm cho biết, trong những trường hợp như này, rất khó cho doanh nghiệp được tính ưu đãi bởi văn bản có giá trị pháp lý cao nhất vẫn là Luật. Trong khi đó, việc ưu đãi này lại không được nêu cụ thể trong Nghị quyết của Chính phủ và không có trong Luật.

Theo Thanh Lan - Huyền Thư
Vnexpress